Klasztor karmelitów trzewiczkowych został wzniesiony w połowie XVIII w. w stylu barokowym, w miejscu drewnianej kaplicy. W XIX w. przeszedł w ręce ojców bonifratrów, którzy założyli tu szpital pw. św. Jana Bożego. Przebudowa obiektów na potrzeby szpitala została dokonana według projektu architekta Ferdynanda Konotkiewicza w 1839 roku. W 1864 roku zakon bonifratrów uległ kasacie i odtąd w szpitalu pracowały siostry szarytki (wyjątkiem były lata 1893-1905). W 1969 roku kościół został ponownie przejęty przez karmelitów trzewiczkowych.
W dawnym klasztorze mieszczą się obecnie niektóre oddziały szpitala wojewódzkiego.